La séparation de l’Eglise et de l’Etat en France au XIXe siècle a entraîné une méconnaissance de la mission éducative des Instituts religieux et les Sœurs de Saint-Joseph de Lyon ont dû chercher de nouveaux horizons en Europe, en Asie, en Afrique et en Amérique.

Le 6 octobre 1903, Mère Marie Flavie Arnaud, accompagnée de cinq religieuses, arrive à Veracruz. Elles ont été encouragées par le P. Félix de Jésus Rougier.

Le 15 du même mois, elles ouvrent une école à Mexico.  Un an après, une autre école ouvre ses portes, au centre de la ville.